中金指出，按目前的增值税条例，小规模纳税人如果不愿承担较高的会计成本，可选择按照营业额的3%缴纳增值税，但不得进行增值税抵扣；因此，没有完整会计账册的小微企业无法享受增值税抵扣带来的税负减轻。
有信息显示，一些企业在营业税改增值税的试点过程中，由于制度和自身业务等因素反而增加了税负。
郑建新表示，从制度层面讲，由于试点仅在部分地区的部分行业开展，试点企业外购的货物和劳务中还有部分不能进行抵扣，所以试点初期个别企业可能会因抵扣不完全，造成企业税收负担短期内会有所增加；从企业层面讲，因为企业成本结构、发展时期、经营策略不同等原因，在改革初期，个别企业税收负担也可能会有一定增加。
针对改革试点初期个别企业税收负担增加的问题，郑建新透露，上海市相应制定了过渡性的财政扶持政策，专门设立了专项资金，对税收负担增加的企业给予财政扶持。
