审计调查发现，甘肃、宁夏、内蒙古、陕西４个省区的１个省级、５个市级、１个县级财政部门未按规定将水资源费４９７２．９５万元上缴中央财政。
此外，甘肃、宁夏、陕西、山西４个省区的５个市级财政部门或代征单位未将水资源费１３０３．１４万元、污水处理费２１００．４３万元、排污费３０６．３５万元纳入预算管理。
在资金征收管理使用方面，审计调查还发现，甘肃、宁夏、内蒙古、陕西、河南、山东６个省区的４个省级、１０个市级和２０个县级水利、环保、建设等主管部门或自来水公司等代征单位欠征水资源费２．１６亿元、污水处理费３５８１．９０万元、垃圾处理费５７．３５万元、排污费８１．７６万元。
另外，甘肃、宁夏、内蒙古、陕西、山西、河南６个省区的２５６家企事业单位欠缴水资源费２．１６亿元、污水处理费１９２６．６０万元、垃圾处理费９０９９．９５万元、排污费２．０６亿元。
